Chi cục Bảo vệ môi trường là cơ quan quản lý nhà nước trực thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường Thành phố Hồ Chí Minh do Ủy ban nhân dân Thành phố quyết định thành lập, có chức năng tham mưu cho Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường ban hành theo thẩm quyền hoặc trình cấp có thẩm quyền ban hành, phê duyệt các văn bản pháp luật, chương trình, kế hoạch, dự án, đề án về bảo vệ môi trường tại Thành phố và tổ chức thực hiện các văn bản pháp luật, chương trình, kế hoạch, dự án, đề án về bảo vệ môi trường do các cơ quan nhà nước ở Trung ương, Ủy ban nhân dân Thành phố, Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường phê duyệt hoặc ban hành.