A. Các chương trình thường xuyên:
1. Giám sát chất lượng nước mặt khu vực kênh Thầy Cai - An Hạ và khu vực sông Cần Giuộc (giáp ranh Long An).
2. Giám sát chất lượng nước mặt khu vực kênh Thầy Cai - An Hạ (khu vực xã Lê Minh Xuân, Phạm Văn Hai - Bình Chánh).
3. Giám sát chất lượng nước mặt khu vực kênh Thầy Cai - An Hạ (khu vực KCN Tân Phú Trung - Củ Chi).
4. Giám sát chất lượng nước mặt sông Thị Vải - Cái Mép.
5. Giám sát chất lượng nước mặt sông Chợ Đệm - Rạch Nước Lên (Bình Tân).
6. Giám sát chất lượng nước mặt rạch Bến Cát (quận 12).
7. Giám sát chất lượng nước mặt khu vực Suối Cái - Xuân Trường (quận 9, Thủ Đức).
8. Giám sát chất lượng nước mặt kênh tiêu Ba Bò.
9. Điều tra thống kê nguồn thải giao thông.
B. Các chương trình đột xuất:
1. Thống kê nguồn thải chính đổ vào sông Sài Gòn.
2. Nghiên cứu đánh giá và tăng cường năng lực thực hiện các chương trình giám sát ô nhiễm môi trường.